Для того, чтобы apt мог получать обновления через прокси, достаточно прописать в "/etc/apt/apt.conf" строчку:
Acquire::http::proxy "http://127.0.0.1:3128/";
Где вместо "127.0.0.1" нужно подставить ip-адрес вашего прокси-сервера, а вместо "3128" - порт, который прослушивает ваш прокси.
Если же ваш прокси требует авторизацию, строка меняется на такую:
Acquire::http::proxy "http://user:password@127.0.0.1:3128/";
Где вместо "127.0.0.1" нужно подставить ip-адрес вашего прокси-сервера, вместо "3128" - порт, который прослушивает ваш прокси, вместо "user" – реальное имя пользователя для доступа к прокси-серверу, а вместо "password" – пароль этого пользователя.